Les archives de la série M proviennent essentiellement du cabinet de la préfecture et du secrétaire général de la Préfecture. Cette série est également composée de documents provenant de services déconcentrés de l'État, joints au fonds initial sans qu'il soit possible de les distinguer. Le fonds était conservé en désordre au sein de la préfecture jusque dans les années 1860. En 1876, la série des documents versés aux archives départementales comprend 1031 articles, et la subdivision consacrée à la police générale et administrative fait l'objet d'un classement à cette date, à l'occasion d'un versement complémentaire.

Paul Guillaume remanie la série en 1888-1889, notamment les dossiers relatifs à la sante publique et aux subsistances. En 1902, la série a encore augmenté et comprend 2593 articles, soit 109 mètres linéaires. Le classement n'est repris qu'en 1916, puis en 1924-1925. Un premier instrument de recherche est publié en 1927, grâce aux travaux de J. Mondet, aide archiviste.

De nombreux versements, opérés après 1945, sont venus compléter la série, notamment avec les dossiers de la période 1927-1940. Le travail était à donc refaire, notamment pour mettre en conformité la série avec la refonte du cadre réglementaire de classement des archives départementales de 1965. Ce travail, mené par une large partie des agents des archives départementales, sous la direction d'Arlette Playoust, adjointe, a abouti à la publication d'un répertoire numérique en 1984. Ce dernier fut enfin complété au début des années 2000 par le transfert de documents depuis d'autres séries vers la série M, et notamment la sous-série 1 M. ...